Vandet som pumpes op fra boringerne smager og lugter ofte ikke særlig godt. Det kan skyldes et højt indhold af f.eks. jern og svovlbrinte. For at fjerne disse og andre stoffer, behandler vandværket vandet på forskellige måder.
Vandet er ikke ens fra vandværk til vandværk, der er derfor forskel på hvordan vandbehandlingen foregår på de enkelte vandværker. Nogle vandværker foretager ingen behandling af vandet, da det ikke er nødvendigt, og pumper råvandet direkte ud til forbrugeren.
Hovedparten af vandværkerne foretager følgende behandling af vandet
Den dårlige lugt fjernes ved at vandet beluftes, så gassen damper af. Det sker ved at vandet falder frit gennem luften. Det sker nogle steder i et iltningstårn eller på en iltningstrappe. Ved denne behandling bliver vandet desuden iltet. Det sikrer de senere processer og giver desuden vandet en friskere smag.
Efter iltningen ledes vandet gennem et sandfilter. I filteret omdannes ammonium til nitrit og videre til nitrat. Processen sker ved at bakterier i filteret "spiser" henholdsvis ammonium og nitrit og omdanner det til nitrat. Filtrene er små bakteriologiske fabrikker med mange arbejdere, som det er meget vigtigt, at man passer på, så de kan udføre deres arbejde tilfredsstillende.
I filteret fjernes desuden jern og mangan og nogle steder også arsen og nikkel.
Efter filteret ledes vandet til en rentvandstank, hvorfra det pumpes ud til forbrugeren. Rentvandstanken fungerer som en slags buffertank, der sikrer at der altid er vand nok til at dække forbruget over døgnet.
